Это можно сделать так:
Экспортируйте fcpxml файл проекта, откройте его в программе TextEdit, воспользуйтесь поиском(CMD+F) что бы заменить все теги filter-video с параметром name=“Имя фильтра”.

Например:
Нужно удалить фильтр Black & White

Находим все записи и заменяем их пустым полем:

Сохраняем и импортируем fcpxml обратно в Final Cut Pro X.

Так же можно удалять и звуковые фильтры (filter-audio)